การผ่าศพในประเทศไทยแบ่งเป็นกรณีใหญ่ ๆ ได้ 2 กรณี คือ
1. การผ่าศพโดยพยาธิแพทย์ (pathologist) 2. การผ่าศพโดยแพทย์นิติเวช (forensic physician)
การผ่าศพในกรณีที่ 1 มักเป็นการผ่าเพื่อความรู้ทางการแพทย์ (academic purpose) ส่วนการผ่าศพในกรณีที่ 2 เป็นการผ่าตามกฎหมาย (ป.วิ.อ. มาตรา 151 ประกอบ มาตรา 152)
ณ ที่นี้จะกล่าวถึงกรณีการผ่าศพในกรณีที่ 2 เท่านั้น
โดย "ส่วนใหญ่" แพทย์นิติเวชจะ "เปิด" ร่างกาย 2 บริเวณ คือ ศีรษะ และ ช่องอก-ท้อง และนำอวัยวะภายใน "ออก" มาเพื่อตรวจสอบ เช่น สมอง หัวใจ ปอด ตับ ม้าม ตับอ่อน ไต กระเพาะปัสสาวะ ฯลฯ โดยการ "ดูสด (gross examination)" และ "ดอง (fixation)" ชิ้นเนื้อบางส่วนหรือทั้งอวัยวะ (organ fixation) เพื่อนำไปตรวจดูต่อทางจุล (histology examination) ทั้งนี้ เมื่อแพทย์นิติเวชตรวจสอบอวัยวะจนเสร็จการแล้ว จะนำอวัยวะทั้งหมด ในสภาพที่ "ผ่านการตรวจสอบแล้ว" คือ ถูกฝานเป็นชิ้น ๆ "ใส่" กลับคืนไปใน "ช่องอก-ท้อง" รวมทั้ง "สมอง" ซึ่งนำออกมาจากศีรษะ โดยมิได้แยกเก็บคืนที่เดิมแต่อย่างใด ซึ่งเป็นวิธีทางปฏิบัติสากล
ดังนั้น ในทางปฏิบัติ จึงมัก "เสริม" ช่องที่ว่างลงในกะโหลกศีรษะโดยการ "ใส่" ผ้า หรือ ก้อนกระดาษ เข้าไปแทน เพื่อให้ศีรษะคงรูป และเย็บหนังศีรษะ รวมถึงผิวหนังบริเวณช่องอก-ท้อง ปิดกลับคืน
ในบางกรณี หากมีความเสี่ยงที่ "ของเหลว" อาจซึมหรือรั่วไหลผ่าน "รอยเย็บ" ก็อาจจะใส่อวัยวะต่าง ๆ เหล่านั้นใน "ถุง" และปิดปากถุงให้แน่นก่อนที่จะนำใส่กลับเข้าไปในช่องอก-ท้องดังกล่าว
กรณีที่แพทย์นิติเวชอาจทำ "การดองอวัยวะทั้งอัน (organ fixation)" เช่น สมอง ซึ่งมีลักษณะอ่อนนุ่มเหมือนเต้าหู้นั้นมีการเปลี่ยนแปลงจากอิทธิพลบางประการ โดยทำให้มีลักษณะที่ "เละ" เกินกว่าที่จะสมควร "ฝานสด" ได้ การดองนั้นจะช่วยให้ texture ของอวัยวะ "แข็งและคงรูปขึ้น" และในบางครั้ง ยังทำให้ "สี" ที่อาจสังเกตได้ไม่ชัดในการดูสด ชัดเจนขึ้น ทำให้แพทย์นิติเวชสามารถตรวจสอบได้ดียิ่งขึ้น
ดังนั้น การ "ผ่าศพครั้งที่ 2 (2nd autopsy)" แล้วพบ "ก้อนกระดาษยัดอยู่ในกะโหลก" หรือ "สมอง หัวใจ และกระเพาะปัสสาวะหายไป" จึงเป็นสิ่งที่สามารถอธิบายได้ตามหลักวิชากา